Shattered Galaxy lấy bối cảnh là một tương lai hậu tận thế. Một thiết bị dịch chuyển được tìm thấy được chôn trên bề mặt Trái Đất, mặc dù các nhà khoa học không thể nắm được bí mật của nó. Nhiều chất không sống khác nhau đã được gửi qua và lấy thành công, nhưng khi một con chuột thông thường được đưa vào cổng làm kích hoạt di vật này theo cách không ngờ: thiết bị ngay lập tức tự dịch chuyển, cũng như tất cả vật chất trong bán kính rộng 2000 km xung quanh nó, đến hành tinh Morgana Prime. Người chơi là một trong những người sống sót sau sự cố này. Bản thân hành tinh này không có sự sống có tri giác, nhưng các cỗ máy chiến tranh robot được tìm thấy trên bề mặt, và con người kể từ đó đã học cách điều khiển chúng bằng thần giao cách cảm (cho phép con người tránh xa nguy cơ bị tổn hại). Nhân loại buộc phải mở rộng đến một hành tinh khác (máy chủ) trong hệ sao Morgana, Relic, nơi các cuộc chiến tranh cũng diễn ra dữ dội.